学校总值班室：37103000 传真：37103099 区号：020 | |||
| 纪检监察室 | 37103067 | 党委办公室/校长办公室 | 37103020 |
| 组织部 | 37103038 | 宣传部 | 37103025 |
| 统战部 | 37103521 | 武装部/保卫处 | 37103073 |
| 学生工作部/学生工作处 | 37103482 | 研究生工作部/研究生院 | 37103093 |
| 教师工作部/人事处 | 37103034 | 工会 | 37103046 |
| 团委 | 37103500 | 发展规划处（“双一流”建设办公室） | 37103542 |
| 教务处 | 37103523 | 科研处 | 37103059 |
| 财务处 | 84501663 | 后勤校产管理处 | 37103072 |
| 医院管理处 | 37103049 | 审计处 | 37103054 |
| 对外合作交流处 （港澳台事务办公室、国际教育学院） | 37103045 37103042 | 离退休人员管理处 | 81340096 |
| 基础医学院 | 37103205 | 卫生管理学院（马克思主义学院） | 37103516 |
| 公共卫生学院 | 37103532 | 护理学院 | 81340896 |
| 药学院 | 37103259 | 金域检验学院 | 81634196 |
| 生命科学学院 | 37104133 | 生物医学工程学院 | 37103322 |
| 体育部 | 37103243 | 外语部 | 37103301 |
| 第一临床学院（南山学院） | 81356006 | 第二临床学院 | 34152299 |
| 第三临床学院 | 81292086 | 第五临床学院 | 82281638 |
| 第六临床学院 | 0763-3113803 | 口腔医学院 | 81199627 |
| 儿科学院 | 38367825 | 精神卫生学院 | 81268042 |
| 中西医临床学院 | 81226209 | 全科医学与继续教育学院 | 81340528 |
| 图书馆 | 37103340 | 实验动物中心 | 37103551 |
| 信息与现代教育技术中心 | 37103130 | 杂志社 | 37103504 |
| 教师教学发展中心 | 37103539 | 科研实验中心 | 83079200 |
| 广州呼吸健康研究院 | 81567942 | 霍夫曼免疫研究所 | 37103806 |
| 广州蛇毒与生物毒素研究所 | 83079002 | 广州医科大学神经科学研究所 | 34152626 |
| 广州医科大学化学致癌研究所 | 37103535 | 广州妇产科研究所 | 81290072 |
| 广州医科大学肿瘤研究所 | 66673666转2014 | 广州医科大学人文社会科学研究所 | 37103076 |
| 广州泌尿外科研究所 | 34294220 | 广州心血管疾病研究所 | 34153522 |
| 广州骨科研究所 | 83062690 | 广州医科大学中西医结合研究所 | 83062040 |
| 广州医科大学高等教育研究所 | 31003257 | 广州医科大学皮肤病研究所 | 83482635 |
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